文章发出来之后

2015.06.08 16:20 Mon| 41 visits 科研| Text

从2014年1月12号开始docking,到2015年6月8日文章上线,将近1年半的课题终于顺利完成。这个capsaicin gating的课题对我来说很特殊,一是它是我和弦儿真正合作的第一篇文章,二是做这个课题的范式正是我一直以来所期待的:计算+实验。

看到一些自己以前写的文字,现在特别有感觉:

“...我太想证明给整个生物学术圈看,计算的东西也能有价值,也能指导实验。自从大四下学期我第一次接触计算建模和MD simulation的东西,就完全被计算的魅力吸引了。当时我深深地相信,计算一定会成为生物学研究的主流方法!直到现在,我都觉得现阶段的计算,就像二次世界大战之前的装甲兵,坦克,虽然英国人在一战中首先发明了坦克,但是他们不相信坦克会在未来战场成为主角。在德国,装甲兵之父古德里安将军,他在组建装甲兵的时候,没有足够的坦克,演习时只好用拖拉机蒙上纸板凑数,以至于小孩子经常用铅笔来刺穿纸板,嘲笑他们的“坦克”。他的上司,甚至说装甲车只配用来运输面粉... 虽然几年后二战的历史证明了装甲兵的重要性,但是在那一天到来之前,有几人能看到!

从大四到现在,我心里一直抱着这个想法,计算就是生物研究中的装甲兵。虽然到了美国读博士之后,由于种种原因,我没有继续做计算的东西,但是这个想法沉淀在我内心深处,直到有一天... 当Vladimir来到我们系,Jie同意让我跟他学Rosetta的东西,有了做计算的机会,我心中的这个想法逐渐再次从心灵的深处浮出...”

客观地说,capsaicin这篇文章里用到的计算,是现成的东西,我只是拿来用一下罢了;但是,也正是因为有从12年开始一直学计算的经历,我才有自信在这个课题中用出,才有自信来判断自己的结果是不是靠谱。在我看来,David Baker他们就是造工具的,造出了很好的工具,也需要更多的人来使用,用Rosetta这个工具解决越来越多的问题。对于我自己,我的期望是我能了解生物学问题需要什么样的计算工具,同时知道现有的工具能解决怎样的问题,这样,一旦有像这个课题一样合适的机会,计算+实验的组合才能发挥出最大的威力。

我也一直在想,什么是生物学研究中计算的本质?我的理解是,计算就是把几百年来无数数学家,物理学家,化学家,生物学家等等一切聪明人的经验,借用来解决自己的特定问题。前辈们的经验,就是lennard jones potential, 就是Dunbrack rotamer library, 就是Ramachandran plot,也就是 能量函数的每一项。也是monte carlo,模拟退火,metropolis准则...... 我向来认为,搞数学和物理的人是最聪明的,我们搞生物的人在智商上完全不能望其项背,所以何不借用最聪明的人的成果? 我们需要做的,是用他们的经验来解决我们自己的问题。我相信这样是可以的,因为在生物体中没有新的物理定律,只是体系复杂,原子数目庞大罢了。

话说回来,正是由于体系复杂,原子数目庞大,造成了应用在生物体系里面的计算的准确性比较差。所以一方面期望专门做计算的团队不断开发出更好的工具,一方面需要谨慎地看待和使用计算的结果。更重要的是,计算必须和实验相结合,计算和实验相互指导,相互验证。实际上,在我们做capsaicin这个课题的同时,有两三个专业做计算的组也在做同样的事情。在今年初的biophysical meeting上,我们的poster背后,就是另一个组同样研究capsaicin 的poster,不远处还有一个组也是。和他们不一样,我们的docking计算有比较丰富的实验证据,而他们则是纯粹的计算。虽然大家从docking得到的结果大同小异,但是纯计算的就只能发biophysical journal这样的档次。他们虽然比我们早发出来(今年3月),但是对我们的文章也没有威胁。